B1 · Fonctions chimiques du vivant
Amines et dérivés azotés
Classer les amines selon la substitution de l'azote et décrire la géométrie du doublet non liant. Analyser leurs propriétés basiques et nucléophiles et présenter les principaux dérivés azotés rencontrés dans le vivant.
Chimie générale et organique6 min de lecture17 QCM corrigés
Structure et classification des amines
On note un groupe carboné organique et un atome d'hydrogène. La classe d'une amine dépend du nombre de groupes carbonés directement liés à l'azote, et non du degré de substitution du carbone voisin.
Une amine peut être aliphatique lorsque l'azote est lié à un carbone non aromatique, ou aromatique lorsqu'il est directement lié à un cycle aromatique. Cette distinction modifie fortement la disponibilité électronique du doublet non liant.
L'ion ammonium quaternaire n'est pas une amine au sens strict. Son azote forme quatre liaisons covalentes et ne possède plus de doublet non liant.
Géométrie de l'azote aminé
Dans une amine aliphatique non conjuguée, l'azote établit trois liaisons et porte un doublet non liant. Il est généralement décrit comme hybridé : ses quatre domaines électroniques occupent approximativement les sommets d'un tétraèdre.
Comme l'un des quatre sommets est occupé par le doublet, la géométrie définie par les trois substituants est une pyramide trigonale. Le doublet repousse plus fortement les doublets liants qu'une liaison ne repousse une autre liaison, ce qui comprime les angles entre les substituants.
L'azote pyramidal peut subir une inversion : les trois substituants traversent un état presque plan, puis la pyramide se reforme de l'autre côté. Cette inversion est généralement rapide. Ainsi, une amine tertiaire portant trois groupes différents n'est habituellement pas isolable sous deux configurations stables, contrairement à un carbone asymétrique.

Lors de la protonation, le doublet forme une nouvelle liaison avec . L'ion ammonium obtenu possède quatre liaisons et adopte une géométrie approximativement tétraédrique.
Dans une amine conjuguée à un système , le doublet peut se délocaliser. L'azote tend alors vers une géométrie plus plane, compatible avec le recouvrement d'une orbitale portant le doublet avec les orbitales voisines.
Propriétés basiques
Une amine neutre, notée , peut utiliser son doublet pour capter un proton fourni par l'eau. Elle forme alors son acide conjugué, noté .
La basicité d'une amine est souvent décrite à partir de l’acidité de son ammonium conjugué.
Plus le de est élevé, moins cet ion cède facilement son proton et plus la base correspondante est forte. La relation entre le pH, le et les proportions des deux formes relève des équilibres acido-basiques étudiés dans la fiche dédiée.
Plusieurs effets modulent cette basicité :
- un groupe carboné donneur d'électrons augmente la densité électronique sur l'azote et tend à renforcer la basicité ;
- un groupe attracteur d'électrons diminue cette densité et tend à affaiblir la basicité ;
- la délocalisation du doublet rend celui-ci moins disponible pour fixer un proton ;
- la solvatation stabilise différemment l'amine et son ammonium conjugué ;
- l'encombrement stérique peut gêner l'approche du proton ou la stabilisation de l'espèce protonée.
À pH inférieur au de l'ammonium conjugué, la forme protonée prédomine. À pH supérieur, la forme neutre prédomine. La protonation augmente généralement la solubilité dans l'eau, car elle crée une espèce chargée fortement hydratée.
Propriétés nucléophiles
Le doublet de l'azote permet donc à une amine d'attaquer un centre électrophile. Une amine primaire, secondaire ou tertiaire peut être nucléophile tant que son doublet reste accessible. La réaction peut conduire à une nouvelle liaison carbone–azote ou à un dérivé ammonium.
La basicité est une propriété thermodynamique : elle décrit la position d'un équilibre de transfert de proton. La nucléophilie est une propriété cinétique : elle décrit la vitesse d'attaque d'un électrophile. Elles évoluent souvent dans le même sens, car elles dépendent toutes deux du doublet, mais elles ne sont pas équivalentes.
Principaux dérivés azotés du vivant
Ions ammonium et ammoniums quaternaires
Les ions ammonium résultent de la protonation réversible des amines. Cette transformation dépend du pH et modifie la charge, la solubilité ainsi que les interactions électrostatiques.
Les ammoniums quaternaires portent quatre groupes carbonés sur un azote chargé positivement. Leur charge est permanente et ne dépend pas d'un simple équilibre de protonation.
Imines et énamines
Dans une imine, le carbone et l'azote sont approximativement trigonaux plans. L'azote est décrit comme hybridé et conserve un doublet dans une orbitale hybridée. Le carbone de la liaison est électrophile, tandis que l'azote peut être basique.
Le doublet de l'azote est conjugué avec la liaison . Cette délocalisation modifie la répartition de la densité électronique et rend le système réactif sur plusieurs atomes.
Amides
Un amide comporte un azote directement lié au carbone d'un groupe carbonyle. Son doublet est fortement délocalisé vers ce carbonyle, ce qui rend l'azote presque plan, beaucoup moins basique et moins nucléophile qu'une amine. La structure et la réactivité détaillées des amides relèvent de la fiche consacrée aux dérivés des acides carboxyliques.
Amidines et groupements guanidiniques
Une amidine associe un carbone lié à deux atomes d'azote, dont l'un participe à une liaison double. Après protonation, la charge positive peut se délocaliser sur plusieurs atomes d'azote, ce qui stabilise fortement l'acide conjugué et explique leur caractère basique.
Un groupement guanidinique étend cette organisation à trois atomes d'azote liés au même carbone. Sa forme protonée est particulièrement stabilisée par résonance.

Hétérocycles azotés
La basicité dépend du rôle du doublet dans l'aromaticité :
- si le doublet ne participe pas au système aromatique, il reste disponible pour la protonation ;
- s'il contribue au système aromatique, sa protonation perturberait la délocalisation électronique et la basicité devient beaucoup plus faible.

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