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Sommaire

  • 1Principe des descripteurs stéréochimiques
  • 2Règles de priorité de Cahn, Ingold et Prelog
    • 2.1Comparer les atomes directement liés
    • 2.2Départager des atomes identiques
    • 2.3Isotopes et liaisons multiples
  • 3Attribution du descripteur R ou S
    • 3.1Carbone asymétrique et ordre spatial lock — section verrouillée
  • 4Lecture d’une représentation de Fischer lock — section verrouillée
  • 5Attribution du descripteur Z ou E lock — section verrouillée
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  5. Descripteurs stéréochimiques R/S et Z/E

B1 · Stéréochimie

Descripteurs stéréochimiques R/S et Z/E

Appliquer les règles de priorité de Cahn, Ingold et Prelog pour hiérarchiser des substituants. Attribuer la configuration absolue R ou S d'un carbone asymétrique, y compris en représentation de Fischer, et la configuration Z ou E d'une double liaison.

Chimie générale et organique·schedule8 min de lecture·quiz17 QCM corrigés

Principe des descripteurs stéréochimiques

Une molécule représentée dans l'espace peut posséder plusieurs arrangements tridimensionnels. Pour les décrire sans dépendre de l'orientation du dessin, on utilise les règles de Cahn, Ingold et Prelog, dites règles CIP. Elles attribuent un ordre de priorité aux substituants à partir de leur constitution atomique.

Définition

Configuration absolue

Arrangement spatial précis des substituants autour d'un élément stéréogène, défini indépendamment de la manière dont la molécule est dessinée ou observée.

Les descripteurs R et S s'appliquent notamment à un carbone tétraédrique portant quatre substituants différents. Les descripteurs Z et E caractérisent la disposition des substituants prioritaires autour d'une double liaison.

La représentation spatiale des molécules, notamment selon Cram et Fischer, est étudiée dans la fiche précédente. Ici, ces représentations servent uniquement à attribuer les descripteurs.

Règles de priorité de Cahn, Ingold et Prelog

Comparer les atomes directement liés

Pour chaque substituant, on examine d'abord l'atome directement lié à l'élément stéréogène. Plus le numéro atomique ZZZ de cet atome est élevé, plus le substituant est prioritaire.

Ainsi, la priorité dépend de l'identité chimique de l'atome et non de sa masse atomique moyenne, de sa charge apparente ou de la taille globale du substituant.

Définition

Priorité CIP

Rang attribué à un substituant selon une comparaison séquentielle des numéros atomiques des atomes qui le constituent. Le rang 111 correspond à la priorité la plus élevée.

L’hydrogène, de numéro atomique Z=1Z=1Z=1, est généralement le substituant de plus faible priorité lorsqu’il est comparé à des atomes plus lourds.

Départager des atomes identiques

Si les atomes directement liés sont identiques, cette première comparaison ne permet pas de conclure. Il faut progresser simultanément le long de chaque substituant jusqu’au premier point de différence.

Pour chaque atome comparé, on dresse la liste des atomes qui lui sont liés, sans reprendre l’atome par lequel on vient d’arriver. Cette liste est classée par numéro atomique décroissant. Les deux listes sont ensuite comparées terme à terme.

La comparaison est lexicographique : dès que deux termes diffèrent, le substituant contenant l’atome de numéro atomique le plus élevé devient prioritaire. Les différences rencontrées plus loin ne sont alors plus prises en compte.

Exemple

Départager un groupe éthyle et un groupe isopropyle

Deux substituants carbonés sont comparés : un groupe éthyle et un groupe isopropyle.

  • Les atomes directement liés au centre stéréogène sont deux atomes de carbone : il y a égalité au premier niveau.
  • Pour le groupe éthyle, l’atome de carbone suivant est lié à une liste classée [C,H,H][\ce{C},\ce{H},\ce{H}][C,H,H].
  • Pour le groupe isopropyle, l’atome de carbone suivant est lié à une liste classée [C,C,H][\ce{C},\ce{C},\ce{H}][C,C,H].

Le premier terme est identique : carbone contre carbone. Au deuxième terme, le groupe isopropyle présente un carbone de numéro atomique Z=6Z=6Z=6, tandis que le groupe éthyle présente un hydrogène de numéro atomique Z=1Z=1Z=1.

Le groupe isopropyle est donc prioritaire sur le groupe éthyle. La comparaison s’arrête à cette première différence : le troisième terme ne modifie pas le résultat.

Méthode

Hiérarchiser plusieurs substituants selon les règles CIP

  1. Identifier l’atome directement lié à l’élément stéréogène dans chaque substituant
  2. Classer ces atomes par numéro atomique décroissant
  3. En cas d’égalité, relever pour chacun les atomes du niveau suivant
  4. Classer les atomes de chaque niveau par numéro atomique décroissant
  5. Comparer les listes terme à terme jusqu’au premier point de différence
  6. Attribuer aux substituants les rangs 111, 222, 333 et 444, du plus prioritaire au moins prioritaire

Isotopes et liaisons multiples

Lorsque deux atomes ont le même numéro atomique mais des nombres de masse différents, l’isotope de nombre de masse le plus élevé est prioritaire.

Pour appliquer les règles CIP à une liaison multiple, on traite formellement chaque atome comme s’il était lié à plusieurs copies de l’atome situé de l’autre côté de la liaison. Une double liaison correspond donc à deux liaisons vers des atomes dupliqués fictivement, et une triple liaison à trois.

Dans un cycle, les deux directions possibles sont développées séparément. La comparaison progresse dans chaque direction jusqu’au premier point de différence, sans attribuer de priorité à la simple longueur apparente du trajet.

Attention

La priorité CIP ne dépend pas de l’encombrement

Le substituant le plus volumineux ou le plus long n’est pas nécessairement prioritaire. Seuls les numéros atomiques, comparés niveau par niveau jusqu’au premier point de différence, déterminent le classement.

Attribution du descripteur R ou S

Carbone asymétrique et ordre spatial

Définition

Carbone asymétrique

Carbone tétraédrique lié à quatre substituants différents. Il constitue alors un centre stéréogène auquel un descripteur R ou S peut être attribué.

Une différence isotopique peut suffire à rendre deux substituants distincts. Inversement, si deux substituants sont identiques selon les règles CIP, le carbone ne reçoit pas de descripteur R ou S.

Après classement des quatre substituants, il faut orienter mentalement le centre de façon que le substituant de priorité 444 soit dirigé vers l’arrière. On suit alors le trajet 1→2→31 \rightarrow 2 \rightarrow 31→2→3 :

  • un trajet dans le sens horaire correspond à R ;
  • un trajet dans le sens antihoraire correspond à S.
Méthode

Attribuer une configuration R ou S

  1. Vérifier que le carbone porte quatre substituants différents
  2. Classer les substituants de 111 à 444 selon les règles CIP
  3. Placer ou observer le substituant 444 à l’arrière du plan
  4. Suivre l’ordre spatial 1→2→31 \rightarrow 2 \rightarrow 31→2→3
  5. Attribuer R si le trajet est horaire et S s’il est antihoraire
Attention

Toujours contrôler la position du substituant 4

La lecture horaire ou antihoraire n’est directe que si le substituant de priorité 444 est orienté vers l’arrière. S’il est dirigé vers l’observateur, le résultat lu doit être inversé : horaire donne S et antihoraire donne R.

Une rotation réelle de la molécule dans l’espace ne modifie pas sa configuration. En revanche, l’échange de deux substituants inverse la configuration R en S ou S en R. Deux échanges successifs rétablissent la configuration initiale.

À retenir

L’ordre horaire ou antihoraire ne suffit pas à lui seul : la position spatiale du substituant de plus faible priorité détermine si la lecture doit être conservée ou inversée.

Lecture d’une représentation de Fischer

Dans une représentation de Fischer, les liaisons horizontales sont orientées vers l’observateur, tandis que les liaisons verticales sont orientées vers l’arrière.

Le classement CIP reste exactement le même que dans toute autre représentation. Seule la lecture spatiale change.

Méthode

Attribuer R ou S dans une projection de Fischer

  1. Classer les quatre substituants selon les règles CIP
  2. Repérer la position du substituant de priorité 444
  3. Suivre le trajet 1→2→31 \rightarrow 2 \rightarrow 31→2→3 sur la projection
  4. Si le substituant 444 est sur l’axe vertical, conserver la lecture horaire ou antihoraire
  5. Si le substituant 444 est sur l’axe horizontal, inverser le résultat obtenu
Comparaison

Lecture selon la position du substituant 4 en projection de Fischer

Position du substituant 4Orientation spatialeLecture du trajet 1→2→31 \rightarrow 2 \rightarrow 31→2→3
Axe verticalvers l’arrièrerésultat conservé
Axe horizontalvers l’observateurrésultat inversé

Une rotation de toute la projection de Fischer de 180∘180^\circ180∘ dans le plan conserve la configuration. Une rotation de 90∘90^\circ90∘ modifie la signification spatiale de la projection et ne doit pas être utilisée comme simple changement d’orientation.

Exemple

Attribuer R dans une projection de Fischer

Une projection de Fischer présente un carbone asymétrique portant un groupe « OH » à droite, un hydrogène à gauche, un groupe « COOH » en haut et un groupe « CH2OH » en bas.

Les priorités CIP sont : « OH » de rang 111, « COOH » de rang 222, « CH2OH » de rang 333 et hydrogène de rang 444.

Le trajet 1→2→31 \rightarrow 2 \rightarrow 31→2→3, de la droite vers le haut puis vers le bas, est antihoraire sur la projection. Cependant, le substituant de rang 444, l’hydrogène, est sur l’axe horizontal : il est donc orienté vers l’observateur.

La lecture doit être inversée. Le trajet antihoraire conduit ainsi à la configuration R. Cette inversion provient uniquement de la position horizontale du substituant de priorité 444.

Attribution du descripteur Z ou E

La rotation autour d’une double liaison est empêchée par sa composante π\piπ. Deux dispositions spatiales distinctes peuvent donc exister lorsque chacun des deux carbones de la double liaison porte deux substituants différents.

Définition

Configuration Z

Configuration d’une double liaison dans laquelle les substituants prioritaires portés par les deux carbones sont situés du même côté de la double liaison.

Définition

Configuration E

Configuration d’une double liaison dans laquelle les substituants prioritaires portés par les deux carbones sont situés de part et d’autre de la double liaison.

Les priorités sont établies séparément sur chacun des deux carbones. On ne classe donc pas ensemble les quatre substituants de la double liaison. Sur chaque carbone, le substituant de priorité la plus élevée est sélectionné selon les règles CIP, puis les deux substituants retenus sont comparés spatialement.

Méthode

Attribuer une configuration Z ou E

  1. Identifier les deux substituants portés par le premier carbone de la double liaison
  2. Déterminer lequel est prioritaire selon les règles CIP
  3. Répéter la comparaison sur le second carbone
  4. Repérer la position relative des deux substituants prioritaires
  5. Attribuer Z s’ils sont du même côté et E s’ils sont de côtés opposés

Si l’un des carbones de la double liaison porte deux substituants identiques, aucune configuration Z ou E ne peut être définie.

Attention

Ne pas confondre Z ou E avec cis ou trans

Les descripteurs Z et E reposent toujours sur les priorités CIP. Les termes cis et trans reposent sur la comparaison de substituants identiques ou choisis comme référence et ne sont pas systématiquement équivalents à Z et E.

À retenir

Pour une double liaison, on choisit un substituant prioritaire sur chacun des deux carbones : même côté signifie Z, côtés opposés signifie E.

Points clés
  • Les règles CIP classent les substituants par numéro atomique décroissant
  • En cas d’égalité, la comparaison progresse niveau par niveau jusqu’au premier point de différence
  • Avec le substituant 444 à l’arrière, un trajet 1→2→31 \rightarrow 2 \rightarrow 31→2→3 horaire donne R et un trajet antihoraire donne S
  • En projection de Fischer, les liaisons horizontales viennent vers l’observateur et les liaisons verticales partent vers l’arrière
  • Une double liaison est Z si ses deux substituants prioritaires sont du même côté et E s’ils sont de côtés opposés
  • Les descripteurs Z et E ne sont définis que si chaque carbone de la double liaison porte deux substituants différents

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