B1 · Stéréochimie
Représenter une molécule organique dans l'espace
Passer d'une formule brute à une formule développée, semi-développée ou topologique, et maîtriser les conventions de Cram, Newman, Fischer et Haworth. Savoir choisir la représentation adaptée à la question posée et convertir l'une en l'autre.
Chimie générale et organique7 min de lecture17 QCM corrigés
Du contenu atomique à l’enchaînement des atomes
La formule brute fournit uniquement une composition atomique. Elle ne suffit généralement pas à reconstruire une molécule unique, car plusieurs enchaînements d’atomes peuvent partager la même composition. Cette possibilité relève de l’isomérie de constitution, étudiée dans la fiche suivante.
Pour proposer une structure compatible avec une formule brute, il faut respecter les valences usuelles : le carbone forme normalement quatre liaisons covalentes, l’azote trois, l’oxygène deux et l’hydrogène une. Des doubles ou triples liaisons peuvent compléter la valence lorsque les seules liaisons simples ne le permettent pas.
Représentations planes de la constitution
Formule développée
La formule développée montre directement quels atomes sont liés. Elle facilite la vérification des valences, mais devient rapidement encombrante. Les traits indiquent les liaisons simples, doubles ou triples, sans traduire nécessairement leur orientation réelle dans l’espace.
Formule semi-développée
Elle conserve l’information de connectivité tout en allégeant l’écriture. Les groupements portés par un même atome peuvent être placés entre parenthèses afin de rendre visibles les ramifications.
Formule topologique
Dans cette convention :
- les hydrogènes portés par les carbones ne sont pas écrits ;
- leur nombre est déduit de la tétravalence du carbone ;
- les hétéroatomes, c’est-à-dire les atomes autres que le carbone et l’hydrogène, sont explicitement indiqués ;
- les hydrogènes liés à un hétéroatome sont normalement écrits ;
- les liaisons multiples sont représentées par plusieurs traits ;
- une fermeture de la ligne brisée signale un cycle.
Projection de Cram
Autour d’un centre tétraédrique :
- un trait simple représente une liaison située dans le plan de la feuille ;
- un coin plein, élargi vers le substituant, représente une liaison dirigée vers l’observateur ;
- un coin hachuré représente une liaison dirigée derrière le plan.
La projection de Cram décrit une orientation spatiale relative. Modifier la direction d’un trait sur la feuille ne change pas nécessairement la molécule : une rotation globale de tout l’objet dans l’espace conserve sa disposition. En revanche, échanger seulement deux substituants autour d’un même centre modifie la disposition spatiale.
Les critères permettant d’attribuer les descripteurs et sont traités dans une fiche ultérieure. Ici, l’objectif est uniquement de conserver la géométrie lors d’un changement de représentation.
Projection de Newman
L’atome situé à l’avant est représenté par un point ; ses trois liaisons partent du centre. L’atome situé à l’arrière est représenté par un cercle ; ses trois liaisons partent du bord du cercle.
Deux dispositions limites sont distinguées :
- la disposition éclipsée, dans laquelle les liaisons arrière se projettent derrière les liaisons avant ;
- la disposition décalée, dans laquelle les liaisons arrière apparaissent entre les liaisons avant.
La projection de Newman est particulièrement adaptée à l’étude de la rotation autour d’une liaison simple. L’analyse énergétique des conformations appartient à la fiche consacrée aux conformations.
Projection de Fischer
La chaîne principale est placée verticalement, généralement avec son extrémité la plus oxydée en haut. Chaque croisement correspond à un atome de carbone tétraédrique. Le croisement n’est donc pas une simple intersection graphique : il encode une géométrie tridimensionnelle précise.
Une rotation de toute la projection de Fischer de dans le plan conserve la même disposition spatiale. Une rotation de dans le plan inverse la signification des directions horizontales et verticales et ne conserve donc pas la représentation initiale.
Pour convertir Fischer en Cram, il faut traduire chaque liaison horizontale par une liaison dirigée vers l’avant et chaque liaison verticale par une liaison dirigée vers l’arrière. Une rotation globale de la molécule dans l’espace peut ensuite être effectuée, à condition de ne pas échanger isolément deux substituants.
Projection de Haworth
La projection de Haworth est surtout utilisée pour les oses cycliques. Elle ne décrit pas fidèlement la conformation réelle du cycle, qui n’est généralement pas plane. Elle encode principalement l’ordre des atomes du cycle et l’orientation relative des substituants.
Lors du passage d’une projection de Fischer à une projection de Haworth selon l’orientation conventionnelle :
- un substituant placé à droite dans Fischer est dirigé vers le bas dans Haworth ;
- un substituant placé à gauche dans Fischer est dirigé vers le haut dans Haworth ;
- la position du substituant porté par le nouveau centre formé lors de la cyclisation doit être déterminée séparément.
Cette dernière orientation définit l’anomérie, notion développée dans la fiche consacrée à la structure et à la cyclisation des oses.
Choisir et convertir une représentation
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